Lors de l'établissement de la feuille de route nationale sur l'eau, biodiversité et paysages pour 2013/2014, la circulaire du 11 février 2013 a confirmé la demande aux préfets des départements d’élargir le périmètre des MISE en MISEN (Mission Inter-Services de l’Eau et de la Nature) afin de mieux prendre en compte les thématiques liées à la nature et à la préservation de la biodiversité, et de coordonner efficacement les politiques et les polices de l’eau et biodiversité entre l’État et les établissements publics en charge de ces missions pour l’État.

 Elle est constituée par un arrêté préfectoral  signé le 2 février 2015 dans la MANCHE, abrogé et remplacé par l'arrêté préfectoral du 27 décembre 2017.

 1) Objectifs de la MISEN

- définir une stratégie thématique et territorialisée d’actions et de contrôles, ciblée sur les enjeux prioritaires des territoires à partir d’un diagnostic partagé entre les services,

- coordonner les politiques et les polices de l’eau et milieux aquatiques ainsi que la nature,

- assurer la mise en œuvre des directives communautaires dans le domaine de l’environnement et préparer le rapportage local,

- élaborer un plan de contrôle inter-services des polices de l’environnement (décliné en programmes de contrôles par service), validé par le préfet et les Parquets, en suivre la mise en œuvre, s’assurer des suites données aux contrôles non conforme, et l’évaluer,

- assurer le lien avec les parquets dans la suite judiciaire des contrôles via la convention quadripartite : Préfet – Parquets – AFB( ex-ONEMA) – ONCFS.

 La circulaire prévoit que le DDTM assure la fonction de chef de MISEN et que la DREAL apporte son soutien en terme de méthodologie et d’animation.

  2) Principe de fonctionnement de la MISEN

Présidée par la Préfecture en présence des Parquets, la MISEN se réunit en instance plénière une fois par an sous l'appellation « Comité stratégique ».

L'objectif de cette réunion est essentiellement de valider le plan d'action pluriannuel et le plan de contrôle annuel lors de leur création  au travers de l'exposé des enjeux de territoire et d'en présenter une évaluation annuelle.

La MISEN se réunit au minimum deux fois dans l'année sous l'appellation « Comité permanent ». Elle est alors présidé par le Directeur départemental des Territoires et de la Mer ou son représentant, qui est chargé de l'animation de la MISEN.

Ce comité prépare, en synthétisant le travail des groupes thématiques, les présentations faites à destination du Comité stratégique.

Les groupes de travail thématiques sont les suivants:

- planification eau et milieux aquatiques: animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Environnement). Sont membres de ce groupe : les Agences de l'eau, l’AFB, l’ARS, la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement et la DDPPDirection départementale de la protection des populations

- milieux littoraux et marins : animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Mer et Littoral). Sont membres de ce groupe : l’ARS, la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, les Agences de l'eau, la DIRMdirection interrégionale de la mer, l’IFREMER, l'AFB, l'ONCFS, le Conservatoire du littoral, la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (service environnement)

- assainissement : animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Environnement). Sont membres de ce groupe : la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service  Mer et Littoral), l’ARS, la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, les Agences de l'eau, l’AFB

- continuité écologique : animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Environnement). Sont membres de ce groupe : la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, les Agences de l’eau, l’AFB

- captages et protection de la ressource : animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Environnement). Sont membres de ce groupe : l’ARS, la DDPPDirection départementale de la protection des populations, la DRAAFdirection régionale de l'alimentation de l'agriculture et de la forêt, la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, les Agences de l'eau, l’AFB

- biodiversité : animation et secrétariat assurés par la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement (Service des Ressources Naturelles). Sont membres de ce groupe : la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (service Mer et Littoral et Service Environnement), la DDPPDirection départementale de la protection des populations, l’ONCFS, l’AFB, le Conservatoire du littoral, les Agences de l'eau

- coordination des polices de l’environnement : animation et secrétariat assurés par la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Environnement). Sont membres de ce groupe : la DDTMdirection départementale des territoires de la mer (Service Mer et Littoral), la DREALdirection régionale de l'environnement de l'aménagement et du logement, l’ARS, la DRAAFdirection régionale de l'alimentation de l'agriculture et de la forêt, la DDPPDirection départementale de la protection des populations, l’AFB, l’ONCFS, l’ONF, le Groupement de gendarmerie, la DDSPdirection départementale de la sécurité publique, le Procureur de Coutances, le Procureur de Cherbourg

Ces groupes sont chargés d'établir la mise en œuvre du plan d'actions et plan de contrôle et d'assurer la coordination dans les domaines visés.